經過二年多的逐一清查比對,總統府發現民進黨執政時期,自89年5月20日至97年5月19日,包括前總統陳水扁辦公室在內等十七個五長辦公室(總統、副總統、秘書長、二位副秘書長),總計收文共38,924件,其中外交部秘抄25,398件,僅64件歸檔,25,334件不知去向;一般公文13,526件,僅2,568件歸檔,10,958件不知去向。其中外交部秘抄雖與一般公文不盡相同,惟其內容涉及我國重要外交機敏事務,屬機關公物文件,仍應依國家機密保護法規定妥慎保管辦理歸檔或銷毀,不得攜離或外洩其內容。本府往例係由持有人於離職時自行銷毀或歸檔,現行處理方式則為指定專人保管,用畢定期送還外交部集中銷毀。
馬總統獲知此一公文佚失最後報告後震怒,指示依法究辦,對這種破壞國家檔案法制的離譜行徑,感到不可思議。總統府於徵詢法律專家並經內部法制單位研商後,決定將全案送請監察院查辦。